＜神の左手＞

■関ヶ原の戦い

「関ヶ原の戦い」の真っただ中に琵琶湖から出現した超巨大な『水のオロチ』。 　『水のオロチ』が巡礼士日本総本部を完膚なきまでに破壊する中、『聖杯』のメガリス・アクティブの力に目覚めたランドルフは突如、神秘の絶滅を宣言。 　少数の伴を連れ『聖杯』と共に姿を消します。

■ランドルフを追え！

日本各地を超巨大オロチが襲う中、諏訪湖の地下にランドルフを追ったサーチャーとコマンダーは、彼の真意を糾します。 　諏訪湖の地下に出現していたディアボロスランサー。 　異形達は龍脈を刺激することで、龍脈に隠されていたディアボロスランサーを引き摺り出して破壊し、生命全てを根絶しようとしていたのです。

■諏訪湖決戦

オロチと化した清廉騎士カリストは、諏訪湖地下空洞に存在した『生命の根源』ディアボロスランサーを破壊し、全生命を絶滅させんとしていました。オロチの連続出現は、全てこの目的のためにあったのです！。 　銀誓館学園は悪路王軍、妖狐軍と協力し、異形勢を破り、全生命の絶滅を阻止します。 　ですが異形勢力による未来の破滅を阻止するために神秘を撲滅せんと、ランドルフは『ディアボロスランサー』を作動させていました。ランドルフは『シルバーレイン』なる銀色の存在を生み出し、彼方へと飛び去って行きました。

■天空の戦い

大気圏外に浮かぶ神の島を舞台に、神秘根絶儀式を止めるための決戦は幕を開けます。 　悪路王軍、さらに妖狐の援軍を加えた銀誓館学園は、天啓巡礼士や金属の兵士達、シルバーレインといった強敵達を撃ち破り、ランドルフの元へと辿り着き、『神の左手』によって強大な力を得た彼を打倒、神秘根絶を阻止します。 　ですがランドルフが装着していた『神の左手』は、宇宙へと飛び立ってしまいました。 　一方、戦いの中で回収された『知識を秘蔵せし書庫』からは、様々な情報が得られています

■生と死の境界線

銀誓館学園の能力者達が集めた詠唱銀を投入したメガリス『鬼の手』を再び用い、能力者達は異形「生と死を分かつもの」が待ち受ける「生と死の境界線」へと乗り込みます。 　生命使いに反応し、出現する過去の強敵達。 　妖狐軍・悪路王軍と共にそれらを退け、能力者達はついに「生と死を分かつもの」を撃破することに成功します。

■神の左手争奪戦

転移剣ランドルフによって宇宙に浮かぶミニ神の城に転移した能力者達は、『神の左手』を狙う宇宙ゴースト、『神の左手』を守らんとするシルバーレインとの争奪戦に勝利し、『神の左手』を確保。 　地球に帰還しました。 　ですが、能力者達を待っていたのは、最大の危機を告げる運命予報だったのです……。