＜神秘根絶＞

関ヶ原の戦いの最中、琵琶湖に突如出現した水のオロチ。 　オロチによって壊滅した巡礼士本部で、巡礼士総帥ランドルフは突如超常なる存在の根絶を宣言します。 　『聖杯』と共に消えたランドルフを追った能力者達は、諏訪湖の地下深くで生命の根源ディアボロスランサーを守る彼を発見し、その真意を問います。 　『聖杯』のメガリス・アクティブとしての力に目覚めたランドルフは、来たるべき生命の破滅を理解してしまっていました。 　異形が狙うディアボロスランサー。 　その破壊は、生命の根絶を意味します。 　たとえ世界結界で異形出現を一時的に阻止したとしても、未来に再び現れる異形は記憶を失わず、ディアボロスランサーの探索と破壊に特化した存在となる。 　そうなれば、生命は根絶を免れえない。 　ランドルフは未来の破滅を阻止すべく、ディアボロスランサーにアクセスできる『神の左手』を用い、神秘全てを根絶せんとしていたのです。 　神秘に属する超常の存在を犠牲に、残る生命全てを守る。 　それがランドルフの考えでした。

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■関ヶ原の戦い

「関ヶ原の戦い」の真っただ中に琵琶湖から出現した超巨大な『水のオロチ』。 　『水のオロチ』が巡礼士日本総本部を完膚なきまでに破壊する中、『聖杯』のメガリス・アクティブの力に目覚めたランドルフは突如、神秘の絶滅を宣言。 　少数の伴を連れ『聖杯』と共に姿を消します。

■ランドルフを追え！

日本各地を超巨大オロチが襲う中、諏訪湖の地下にランドルフを追ったサーチャーとコマンダーは、彼の真意を糾します。 　諏訪湖の地下に出現していたディアボロスランサー。 　異形達は龍脈を刺激することで、龍脈に隠されていたディアボロスランサーを引き摺り出して破壊し、生命全てを根絶しようとしていたのです。

■諏訪湖決戦

オロチと化した清廉騎士カリストは、諏訪湖地下空洞に存在した『生命の根源』ディアボロスランサーを破壊し、全生命を絶滅させんとしていました。オロチの連続出現は、全てこの目的のためにあったのです！。 　銀誓館学園は悪路王軍、妖狐軍と協力し、異形勢を破り、全生命の絶滅を阻止します。 　ですが異形勢力による未来の破滅を阻止するために神秘を撲滅せんと、ランドルフは『ディアボロスランサー』を作動させていました。ランドルフは『シルバーレイン』なる銀色の存在を生み出し、彼方へと飛び去って行きました。

■天啓巡礼士出現

ランドルフの行方を掴めぬ中、新たな事件が起こり始めます。 　銀の雨の天啓を受け、巡礼士に似た力に目覚める一般人が現れ始めたのです。天啓巡礼士と呼ばれる彼らと、ランドルフの関わりは確実なものと思われました。 　ランドルフは戦力を蓄えている……この事件は、能力者達にそれを認識させるのに十分なものでした。

■鬼の手決戦

一縷木休戦条約のため日本国内でメガリスを使用できない妖狐の女王『金毛九尾』は、悪路王にランドルフの居場所を探し出せるメガリス『鬼の手』を譲渡します。 　銀誓館学園の方針を伝えるべく悪路王の元に赴いた能力者達は、悪路王から鬼の手を利用したランドルフの居場所を掴む計画を聞かされ、協力を求められます。 　能力者達は悪路王軍、妖狐の先遣隊と共に、鬼の手を通じて『神の城』に乗り込み、入り口を制圧します。

■天空の戦い

大気圏外に浮かぶ神の島を舞台に、神秘根絶儀式を止めるための決戦は幕を開けます。 　悪路王軍、さらに妖狐の援軍を加えた銀誓館学園は、天啓巡礼士や金属の兵士達、シルバーレインといった強敵達を撃ち破り、ランドルフの元へと辿り着き、『神の左手』によって強大な力を得た彼を打倒、神秘根絶を阻止します。 　ですがランドルフが装着していた『神の左手』は、宇宙へと飛び立ってしまいました。 　一方、戦いの中で回収された『知識を秘蔵せし書庫』からは、様々な情報が得られています