■水神と魔王
水神祭都アクエリオには「水神と魔王の伝承」が残されています。伝承では、かつて水神アクエリオと魔王ゼルデギロスが戦い、今も水神アクエリオは水瓶に、魔王ゼルデギロスは都市国家の地底に広がる巨大地底湖の底に眠っているとされています。
アクエリオ水神祭で今年のアクエリオの星となったリィナ（01845）は、水瓶の中に秘されし聖域で水神アクエリオと面会し、その伝承が事実であったことを知ることとなります。
■アクエリオ水神祭
アクエリオ最大の祭り、アクエリオ水神祭。この水神祭で行われるゴンドラレースで優勝した者には、最高のゴンドラ乗り、『アクエリオの星』の称号が贈られます。
2011年のアクエリオの星となったのは、リィナ（01845）でした。その他の競技でもエンドブレイカー達がトップを取ることになります。
■アクエリオの星、聖域へ
アクエリオの星となったリィナは、水瓶の中の聖域へ赴きます。そこにいたのは、水神アクエリオその人でした。
アクエリオからの話で、この都市で起こっている事件が魔王ゼルデギロスの封印が弱まったためであることを知ったリィナは、封印を再度強化するための儀式を手伝うこととなります。
アクエリオの星、聖域へ
■狙われたシーホース
リィナが行う儀式は、水神の使者シーホース達にアクエリオを巡らせることでした。これにより、少しずつ魔王に汚染される水が浄化され、封印が再強化されるのです。ですが、『教主』ウルカンダール配下の魔王教団員よってシーホースが拒絶体マスカレイドにされ、シーホースを迎えようとした村人達を虐殺するエンディングを見たエンドブレイカー達は、シーホースを元に戻すため、戦いに向かいました。
シーホースマスカレイド化事件：リプレイ一覧
■青空を渡る水流の道
儀式を終えたシーホースが水瓶の聖域に帰る時、『青空を渡る水流の道』が出来る。聖域の様子を確かめようとしたエンドブレイカー達は、出会った錬金術士の女性からその話を聞きます。
ですが『教主』ウルカンダールはそれを利用し、マスカレイド化させたシーホースによって聖域に侵入しようとしていたのです！
追いつけるのは今しかない。エンドブレイカー達は錬金術士の女性に援軍要請を頼み、僅かな人数で『教主』ウルカンダールとの戦いに臨みます。
錬金術士の力でエンドブレイカー達を圧倒的するウルカンダールでしたが、水神の援護を受けたエンドブレイカー達は決死の戦いの末に彼の撃破に成功します！
しかし、その喜びも束の間、ウルカンダールの放った呪いが、水神アクエリオをマスカレイド化させてしまったのです……！
青空を渡る水流の道
あんたアクエリオの星・リィナをどっかで見かけなかったか？
■アクエリオ滅亡の未来
アクエリオの人々の瞳に浮かび上がるエンディング。それはマスカレイドと化した水神アクエリオが水を赤く染める中、万能宝石エリクシルによって魔王ゼルデギロスが蘇える滅亡の未来でした。
古の魔王軍残党たるゴーレム軍団を率いる第６の部位所有者『鉄神』ギガメタルが魔王の心臓と一体化した時、その勢力は他に比類なきものとなるのです。
ですが、エンドブレイカー達が侵攻して来たゴーレム鉄神の将達との戦いに勝利を収めたことで、魔王の心臓を奪取したエンドブレイカー達が地上への脱出に成功。魔王軍を大幅に弱体化させることに成功しました。滅亡のエンディング
魔王の心臓、奪取！
■アクエリオの戦い
アクエリオ滅亡のエンディングを防ぐべく、アクエリオの戦いは始まりました。４勢力による同時攻勢に一時は苦戦を強いられますが、エンドブレイカー達は全ての部位所有者達を倒し、拒絶体マスカレイドとなっていた水神アクエリオを元に戻すことに成功します。
そしてアクスヘイムと同様に、再び出現するエリクシルの妖精。
妖精を倒した蒼穹に響く調べ・アリアの、悲しみの記憶を代償とした望みによって、棘（ソーン）とマスカレイドはアクエリオに侵入不可能となりました。
さらに、錬金術士・ガーネットがエンドブレイカーの力に目覚めたのを契機に、錬金術士がエンドブレイカー達の仲間に加わりました。
