■平和なるアクエリオにて
アクエリオの戦いが終わり、水神祭都アクエリオには平和が戻りました。魔王ゼルデギロスを蘇らせんとした部位所有者達は滅び、アクエリオが『棘（ソーン）』に侵食される事は二度となくなったのです。錬金術士達からもエンディングを見る力に目覚める者が現れ、エンドブレイカー達の仲間に加わります。
そんな中、元エルフヘイム騎士団総帥のドンチャッカが、アクエリオに現われます。
紫煙群塔ラッドシティで警察の『犯罪課』課長に就任した彼は、『インセクテア大飛蝗』が収穫祭を控えたラッドシティを襲わんとしている事をエンドブレイカー達に伝えます。
エンドブレイカー達は地位を得てアクエリオに残る者達を残し、次なる都市国家へ旅立ちました。
■逃亡するマスカレイドたち
アクエリオの戦いを前にして、都市から逃げ出そうとするマスカレイド達。エンドブレイカー達は、こうしたマスカレイドを追い、撃破しました。
中には怪盗マスカレイドと交渉を持ったエンドブレイカー達もいたようです。
逃亡マスカレイドを追え：リプレイ一覧
■アクエリオの戦い
アクエリオ滅亡のエンディングを防ぐべく、アクエリオの戦いは始まりました。４勢力による同時攻勢に一時は苦戦を強いられますが、エンドブレイカー達は全ての部位所有者達を倒し、拒絶体マスカレイドとなっていた水神アクエリオを元に戻すことに成功します。
そしてアクスヘイムと同様に、再び出現するエリクシルの妖精。
妖精を倒した蒼穹に響く調べ・アリアの、悲しみの記憶を代償とした望みによって、棘（ソーン）とマスカレイドはアクエリオに侵入不可能となりました。
さらに、錬金術士・ガーネットがエンドブレイカーの力に目覚めたのを契機に、錬金術士がエンドブレイカー達の仲間に加わりました。
■大渦封印の儀式
『獣王』バンガイアの死後も残された、深海に繋がる大渦。シーバルバが地上に出現することは人間とシーバルバとの間に不幸しか起こさないと判断した水神アクエリオは、優れたゴンドラ乗りのエンドブレイカー達に依頼し、儀式を行い渦を封印しました。
アクエリオさまとゴンドラの秘儀
■ラッドシティ大飛蝗
紫煙群塔ラッドシティから訪れたドンチャッカは、ラッドシティを襲おうとしているインセクテアの大襲撃、「ラッドシティ大飛蝗」の危機をエンドブレイカー達に伝えます。エンドブレイカー達は彼の要請に応え、大飛蝗を阻止しました。
ラッドシティ大飛蝗：リプレイ一覧
インセクテアをエルフヘイムへ
■アクエリオからの旅立ち
エンドブレイカー達はラッドシティへと旅立ちます。ギガンティア「バルカニアゲート」の発見などを経ながら、エンドブレイカー達はラッドシティを目指しました。
エンドブレイカー達の中には、アクエリオで地位を得てこの都市に残留する人々もいました。
また、エンドブレイカー達に助けられた人達の中には、彼らが発つ前にと挨拶に訪れる人達もいました。
ギガンティア：バルカニアゲート
バルカニアゲート発見
