■海賊
ラッドシティの棘（ソーン）がその力を増す中、突如現れたマスカレイド勢力「海賊」。「海賊島」から現われラッドシティの遺跡を狙う彼らをエンドブレイカー達は倒しますが、彼らはラッドシティのエリクシルを巡る決戦にも参戦して来ます。
その渦中でラッドシティのヘレノス監獄にいた三大囚人の一人、「鋼熊ゴルバック」は大海賊としての正体を現しますが、撃破された彼は自爆するという異様な行動を見せます。
その後もアクスヘイムを襲撃するなど、エンドブレイカー達と激しく敵対する海賊達。
遺跡島の冒険を経て『終焉に抗う勇士号』を得たエンドブレイカー達は海賊群島の封印を突破し、海賊の本拠地へと迫ります。
「海賊島」と呼ばれるようになった「ニニギア島」海域に総力を結集し、エンドブレイカー達を迎撃せんとする海賊達。
「勇者によって魔王が封印された」という伝説が残るニニギア島。
伝説の残る島に、決戦の幕が開きます！
■海賊襲来！？
懲罰騎士団の働きかけでヘレノス監獄から釈放された長老衆。以前、世界の瞳中枢に宿る「何者か」に憑依された経験のあるハンクス長老は、一つの情報を携えていました。
「海賊」が、ラッドシティに襲撃を仕掛けるというのです！ エンドブレイカー達は世界の瞳からの情報を元に、海賊の襲撃を阻止するべく戦います。
釈放されたハンクス長老（脱獄じゃない）
海賊襲来！
■ラッドシティの戦い
革命聖女ゼファーによって出現するエリクシル。カーニバル、蛇喰らいシェラハ、歌人卿サネトモ、鋼熊ゴルバックと各マスカレイド勢力が入り乱れての激戦を制し、エンドブレイカー達は戦いに勝利を収めます。
この戦いの中、「大海賊」という正体を明らかにした鋼熊ゴルバックをエンドブレイカー達は倒しますが、ゴルバックは奇妙な言葉と共に自爆。ゴルバックの正体には、いまだ疑問を持たれています。
■アクスヘイムの『代理者』
ハンクス長老が戦いで傷ついた『世界の瞳』の修復を進める中、戦神海峡アクスヘイムの青年領主ピエールが突然『世界の瞳』中枢部に現われます。長老に追いやられ、遺跡内でピンチに陥ってしまったピエールを救う黒き剣の担い手・イグニス達。
そして、判明したのはピエールと妻のフローレンスが、『世界の瞳』の転移に必要となる『代理者』に選ばれたという事実でした。
アクスヘイムの危機を報せるピエール。彼の依頼を受け、エンドブレイカー達は機能を取り戻した『世界の瞳』からアクスヘイムに向かい、襲来する海賊や巨獣の対処に当たります。
君の名はピエール
戦神海峡の海賊達
巨獣襲来事件
マーメイド・ブルー
【巨獣の荒野へ】狂気の源は
崩れた壁の調査隊〜謎の襲撃者〜
■『魔神の斧』
アクスヘイムに襲来し続ける巨獣の謎を追って、巨獣の荒野に向かったエンドブレイカー達。荒野の滝に発見した拠点への侵入を図りますが、彼らの侵入は事件の犯人である海賊団『魔神の斧』に気付かれていました。
エンドブレイカー達は海賊に敗北し、捕らえられてしまいますが、傷つきながらも単身逃走に成功した影姫・アレクサンドラは、他のエンドブレイカー達に救援を求めました。
巨獣の荒野へ：リプレイ一覧
■巨獣荒野の海賊団
アレクサンドラの救援に応じ、エンドブレイカー達は巨獣の荒野へと向かいます。『魔神の斧』の拠点を攻撃するエンドブレイカー達は、多くの巨獣や海賊、そして量産型ゴルバック等の抵抗を退け、イングレッサに迫ります。この攻撃を受けてイングレッサは撤退、巨獣襲撃事件はなりを潜めることとなります。
魔神の斧が戦力とした多くの巨獣は、後の決戦でエンドブレイカー達の前に立ち塞がることとなりました。
巨獣荒野の海賊団：リプレイ一覧
■人魚の国に潜む悪
人魚海に隠された人魚の国。海賊達から、その王女を助けた閃紅・グロウたちは、人魚の国に案内されます。マリナーラという名の人魚の参謀がマスカレイドだと気付いた一行は彼女の動向を探ろうとしますが、マリナーラは逃走。エンドブレイカー達は一旦アクスヘイムに戻ろうとしますが……？
マーメイド・ブルー：リプレイ一覧
■遺跡島攻略戦
偵察による情報収集の後、遺跡島攻略戦が行われます。謎の秘められた「遺跡島」を支配する海賊達は、遺跡のゴーレムや捕らえた人魚さえも利用して、エンドブレイカー達を退けんとします。ですが、その守りを突破して、エンドブレイカー達は島の大半を占める遺跡を奪取し、囚われた人魚達を救い出すことに成功しました。
遺跡の謎を解くべく、この島を冒険することを決めます。
生贄求むる島
遺跡島攻略戦：リプレイ一覧
■遺跡島の冒険
遺跡島を冒険するエンドブレイカー達。無数のゴーレムを突破したエンドブレイカーは、ダンスパーティ等での『鍵』の解除によって、遺跡船を稼働させることに成功します。ですが時を同じくして島に攻め寄せる海賊船団。エンドブレイカー達は海賊船団を突破して遺跡島をその『本体』と合体させ、力を解放。
出現した大渦に呑み込まれた海賊船団は後退し、エンドブレイカー達はそれを追跡することで海賊の本拠地を目指すこととなります。
■海賊群島の封印
海賊島への途上を阻む遺跡船改め『終焉に抗う勇士号』を阻む海の大結界。海賊に対して敵意を持つ船を阻む、この結界を突破しなければ、海賊の本拠地に至ることはできません。
エンドブレイカー達は発見された海図から、手分けして海賊群島の島々の封印を破壊し、結界を突破することに成功します。
保護された義賊カーライルから、海賊島の本来の名……『ニニギア島』の名を聞かされると共に、エンドブレイカー達は島にまつわる伝説を知ることになります。
「勇者がニニギア島に魔王を封印した」
この伝説は、何を意味するのでしょうか。
海賊群島の封印：リプレイ一覧
■ニニギア島沖海戦
ニニギア島への接近する終焉に抗う勇士号を縛り付ける謎の呪力。海を操る力を封じられた勇士号を、海賊達は強襲を仕掛ける形でニニギア島沖海戦は開始されます。エンドブレイカー達は戦いへの介入を狙っていた黒刃使い・ガブラスに付け入る隙すら与えずに海賊の攻撃を凌ぎ切ると、海賊の首魁達へと迫ったのです！
そして明らかとなる海賊首領・ガルヴァルドの正体。
ガルヴァルドは伝説の刀鍛冶、鋼語りの・ジュウゾウによって造られたとされる「喋る武器」でした。
【軋る剣ガルヴァルド】、【妬む杖ビュレファスト】、【踊る盾槍ザングルム】。
３つの「喋る武器」は、海賊首領としての姿を脱ぎ捨てると、海中へと消えていきました。
そして残る海賊達を滅ぼしたエンドブレイカー達の前で、ニニギア島は突如崩壊します。
崩壊する島の中から浮上せんとする謎の存在『邇邇藝天地我尊（ニニギアメツチノミコト）』。
ですが、エンドブレイカー達によってマスカレイドを撃退されたことで、終焉に抗う勇士号はその『海上封印』としての力を発揮、『邇邇藝天地我尊』の浮上を阻止しました。
巨影は浮上を望む
■ニニギア島沖海戦・その後
ニニギア島沖海戦を経て、海賊勢力は滅びました。ナクレの暈・フォシーユが「マリアンヌ」と名乗る漂流者の女性を助けたりする中、エンドブレイカー達を乗せた終焉に抗う勇士号は、ガルヴァルドが言い残した都市国家『三塔戒律マギラント』へ向かうため、東へと旅立ちます。
東の地で、エンドブレイカー達を待つものは……？
